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Sí, lastimosamente no solo en windows te pasa esto, si instalas muchas aplicaciones y dependencias en tu ubuntu y desinstalas tambien algunas después de tanto te puede llegar a llenar de basura tu registro como pasa con windows, aunque aclarando que en mayor lapso de tiempo, pues ahora es que puedes usar GConf Cleaner que es una herramienta para limpiar archivos de configuración inválidos/desconocidos que se van almacenando en la base de datos del gconf.

Lo puedes descargar desde aquí y luego lo instalas dando doble click y luego en instalar.


Con eso ya lo tendrás instalado y lo tendrás en Aplicaciones > Accesorios > Gconf Cleaner. Son cinco pasos para limpiar y puedo decir que más fácil imposible, ya que solo es de dar siguiente.

Extraído de "Blog Ubuntu El Salvador"